公元年，印度僧人跋陀前来嵩山落迹传教，因而敕建少林寺。公元年，印度高僧达摩到嵩山传授禅宗，面壁九年，静坐修禅，继而创动活身，遗有《诸导气诀》和《易筋经》、《洗髓经》传世，虽然称不上武术，但是为少林武术奠定了基础。隋末，少林寺武僧昙宗、志操、惠易等十三名僧协助李世民平定了王世充。唐初昙宗和尚被封为大将军，其他十二和尚因“危时聊作将，事定复为僧”，少林寺受到惠赐，拥有武艺高强的精兵五百多人，这样使将军练兵法，兵器带进了寺，开创了少林武术新时期，“武以寺名，寺以武显”，“历代高僧大都法、武、医兼通，效国利民，名闻于世”（《少林寺秘方集锦》），昙宗、惠易善于伤科医术，开创了少林武术伤科，少林伤科至明清得到大发展。
五代以后，中国佛教在衰微中延续。五代十国时期高僧福居特邀十八家武术家到少林寺演练三年，各取所长，汇集成《少林拳》，少林武术得到发殿，促进少林伤科发展。这时著名僧医有福居、智广。智广（年卒），精于伤科，尤熟谙人体经脉，善点穴治病，凡筋脉拘挛、跌破之类、损伤之类，皆以竹片为杖，捆其痛处，或兼施药液外搽，丸散内服，常获立愈的效果。
明代，明太祖出身僧侣。明代南倭寇侵扰，总制胡宗宪变用少林僧兵抵御外侵。抗倭名将俞大猷也曾到少林寺传授棍术，稳中有降显神通。少林月空和尚率僧兵赴东南抗倭，自备军中急救良药，如少林行军散、八珍丹，少林著名僧医有智正、智淳。智正收集明以前寺院有效秘方，编著了《少林寺秘方》，墨本秘不外传。明嘉靖二年（公元年），异远真人著《跌损妙方》问世，少林伤科的真传秘方为世人所知。
自北魏到明清，少林寺屡经敕建，遍布南北，数达十余座。明末清初，居福建少林传承僧人以寺为依托成为反清复明的秘密基地，屡遭清廷镇压，寺院落被焚烧，佛教洪门众徒四方逃散，从而分布大江南北，自立门户，广收徒弟，少林武术、伤科在民间发展。这时期伤科秘方著述传抄甚多，其法多宗少林伤科，师承各异有所发挥而分支。著名僧医有字宽、湛举、湛化、南洲、本园、了然、毛公、太双、梅亭等。湛举、湛化两位僧医进一步补充、完善整理少林寺伤科秘方为《少林跌打损伤秘方》，制成木刻版，藏于法堂，但后被焚。
清末以后期间著名僧医有淳济、寝勤、贞俊、侦绪、恒林、妙月。民国年间，卢俊善武精医，著有《少林秘真求襄》。妙月（公元~）任泉州崇福寺主持，以寺行医，擅长跌打损伤，此外清供还有没有撰著者的《少林寺伤科秘方》、《少林专真传伤科秘方》、《少林寺跌打损伤奇验全方》。民间有《少林寺十二时辰十二穴秘方》、《少林寺军阵伤科秘传》、《少林寺跌打伤科万应方》等流传。
到80年代，少林寺成立少林拳谱编写委员会，少林寺第36世住持德禅法师，将自己六、七十年的临床经验，结合寺院僧医的验方、秘方、单方，传授给皈依弟子德虔，先后整理、编著了《少林寺秘方集锦》、《少林寺伤科秘方》、《少林点穴法》等书，全拽少室秘藏，惠国利民。这是少林寺僧医伤科的结晶，从中可领略治疗水平概况，了解少林伤科治伤特色。
中国少林医学源远流长，博大精深，是中华民族传统文化中珍贵的遗产，它具有完备的理论，丰富的实践，千年的历史，在古代经过少林寺僧千锤百炼的秘方汇集成书流传至今。
《少林寺秘方真传》一书他以伤科为主，是中国传统医学中精粹而神秘的组成部分。经过多年收集珍藏大量的少林秘方，不断的完善加以整理分列为：急救方、止血方、跌打损伤方、药酒方、膏药方、接骨方、练功方等。对各种损伤有奇异的效果。
为济世救人，贡献社会，利人方便。安心治疗古往今来，有病必有药，不是有病无药，全是少林寺秘藏方，人若有不幸跌打损伤部位对症治疗，确有奇功，百试百效，已济人救人甚多，人若不幸染病，是一种极为痛苦的事，小病会加苦恼，大病原菌会有送掉性命的危险，若求医诊治，须要付出可观的医疗费用，而且不一定会治愈留下后遗症，因此将有关少林寺的千年奇方汇编成书，供读者和医生参阅可达到有治病的本领，如能广传此秘方救世医人者，必获天降必福，又有功德无量也。对于现代伤科研究有较高的参考价值
少林活络膏
少林活络膏源自少林寺历代高僧珍藏之秘方。善于祛风散寒除湿，化痰祛瘀通络。本品系纯中药制剂，加以现代科技制作，方便贴用，对人体无害。
少林佛手昆布胶囊
少林佛手昆布胶囊源自于少林寺历代高僧珍藏秘传的少林佛手散方。主要用于纠正晚期恶疮（肿瘤）患者普遍存在的神疲乏力、吞咽困难、疼痛、失眠、恶心呕吐、胸水腹水、体重减轻等症状。用量少，吸收快。善于活血化瘀，清热解毒，软坚散结，益气健脾，滋阴润燥。与各种恶疮放、化疗配合使用，具有增强疗效及减轻毒副反应的作用。
少林活血丹
红花30克、桃仁21克、乳香(醋制)15克、没药(醋制)15克、血竭15克、苏木15克、儿茶30克、当归尾30克、赤芍60克、元胡30克、麝香30克、梅片60克、朱砂30克、白芷30克、制南星2.1克、生甘草27克、大头三七9克。将麝香、朱砂、冰片三味取出单研，其余诸药共碾碎，用细罗过后，将前三味药粉加入掺匀，取黄米粉75克，打糊制丸，如豌豆大，晾干装瓶备用。成人每服3～5粒，黄酒送下，每日服两次；小孩酌情减之。在未制成丸前，也可取出部分药粉密藏备用，用生芝麻油调之敷于患处立效。用于治疗拳、棍、锤、棒等一切武伤所致的红肿、疼痛，跌打损伤，金疮出血，闪腰岔气，血瘀作痛。
源自“少林观音膏”，《倚天屠龙记》称其为“黑玉断续膏”。
配方（部分）：桂枝，桑枝，红花，桃仁，乳香（醋制、去油），没药（醋制、去油），天花粉，白芷，大黄（酒制），赤芍，苏木，牛膝，自然铜，舒筋草，牡丹皮，木通，麝香，生甘草，广丹，冰片，当归，广木香，轻粉等。
制法：先将麝香、冰片、轻粉、红粉、自然铜、乳香、没药、广丹单研成粉末另包备用。再将其余药切成碎块，置油锅内炸枯成炭，滤出药渣后，用文火炼油至滴油成珠。最后取去油膏稍加温化，兑入细料揉匀即成。
功效：据《少林医宗秘方》记载，该方具有活血祛瘀，消肿止痛，接骨续筋之功用。主治跌打损伤，腰腿疼痛，脱臼骨折，四肢麻木，手足拘挛，行动困难等。
按：此方是宋代少林寺福居大和尚所传，贞俊大师用此膏治疗上述疾病千余人次，每获良效，方园数百里远近闻名，人称少林神膏。
源自“少林大补方”“少林延寿丹”“少林还少丹”等。
配方：主要成分有灵芝、甘草、当归、云获冬，枸杞子等。
功效：据《少林医宗秘方》记载，该方补气养血，滋养五脏，壮腰健肾，清肝明目，悦颜面，调阴阳。久服可以增强体质，延年益寿。
按:此方是福裕大和尚所传秘方，经数代验证，确为滋养全身、防病抗病、延年益寿之良方。
少林草本浴足粉以少林寺药局八百年禅医古方为基础，由多种名贵植物精制而成，是少林寺僧人的养生法宝。长期使用可活血通络、祛病养生，具有消脚疾、祛湿寒、美容驻颜等多种养生功效。主要成份：红花倒水帘、夜交藤、鸟不站、灵香草、仙鹤草、肉苁蓉、伸筋草、透骨草、艾草等。
源自“少林喉症散”古配方。
歌诀:一翁顽咳气欲绝，八方求医不得益。赐给仙丹三十较，三日暮朝病根除。
按:此方是少林寺普灵和尚，治疗咽喉不适、寒咳久喘的珍藏秘方，传说治愈过几千人次。
源自“少林回春膏”。
配方：人中角黄90克，蜂房15克，藤黄1.5克，黄柏6克，川黄连9克，土大黄9克，冰片1.5克。将几味药碾成细粉，过细罗后掺入冰片，取芝麻油适量调药粉成糊膏，涂擦患处。
按：淳智高僧用此方治皮肤患者不下三百，多在5-10日痊愈。众人称菩萨膏。
少林舒活抑菌膏以三七、牛膝、独活、细辛、乳香、红花油、薄荷油、冬青油、桉油、丁香油、薄荷脑、凡士林加工而成，使用范围：皮肤外用、抑菌止痒，白色念珠菌、金黄色葡萄球菌等致病性微生物。
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